空き家売却の税金を最小にするには？3,000万円控除の条件と「やってはいけない」注意点

空き家を売却すると、譲渡所得税や印紙税など、いくつかの税金が発生する可能性があります。

結論からお伝えすると、空き家売却時の税金を最も安く抑えるコツは「売る前に不用意な活用をしないこと」です。

特別控除が使える条件を満たしているにもかかわらず、先に賃貸や活用、リフォームをしてしまうと、本来払わなくてよかった数百万円単位の税金が発生するケースも少なくありません。

本記事では、空き家売却で発生する税金の種類と、税金を抑えるために必ず知っておきたい特例制度、逆に税金が高くなってしまう注意点まで、分かりやすく解説します。

【結論】空き家売却時に発生する税金は状況によって大きく変わる

空き家売却にかかる税金は次の3つの要素によって大きく変わります。

たとえば、同じ空き家を同じ金額で売却した場合でも、支払う税金が「0円」になるケースもあれば、「800万円近く」かかるケースもあります。以下で具体例を見てみましょう。

このように、売却価格が同じでも「取得のしかた」や「売却時期」が違うだけで、税金に数百万円単位の差が生じます。

特に、相続した空き家や以前住んでいた空き家であれば、3,000万円特別控除を使える可能性があり、本来かからなくてよい税金を支払ってしまうケースも少なくありません。

空き家売却時に税金を払いすぎないために、まずは空き家売却時に発生する4つの税金について見ていきます。

空き家売却でかかる4つの税金の種類

空き家を売却する際にかかる税金は主に次の4つです。

それぞれ詳しく解説していきます。

譲渡所得税

譲渡所得税とは、空き家を売却して利益（譲渡所得）が出た場合にかかる税金です。空き家売却にかかる税金の中で、最も金額が大きくなりやすい税金です。

印紙税

印紙税とは、空き家売却時に作成する不動産売買契約書に課される税金です。契約書に収入印紙を貼り付けて納税します。

印紙税の金額は契約金額によって決まっており、たとえば売却価格が1,000万円超5,000万円以下の場合は10,000円、5,000万円超1億円以下の場合は30,000円が一般的です（※軽減税率適用時）。

譲渡所得税と比べると金額は小さいものの、売買契約書を作成する以上、原則として必ず発生する税金である点は押さえておきましょう。

固定資産税

固定資産税は、毎年1月1日時点で不動産を所有している人に課される地方税です。そのため、年の途中で空き家を売却した場合でも、その年分の固定資産税は原則として売主が納税義務を負います。

実務上は、売却日を基準に日割り計算で買主と按分するケースが一般的ですが、これは法律上の義務ではなく、売買契約での取り決めとなります。

登録免許税

登録免許税とは、不動産の登記手続きを行う際にかかる税金です。空き家売却では、主に抵当権抹消登記や所有権移転登記の場面で発生します。

住宅ローンが残っている空き家を売却する場合、抵当権抹消登記が必要となり、この際の登録免許税は不動産1件につき1,000円です。

なお、所有権移転登記にかかる登録免許税は、原則として買主が負担するため、売主側の負担は比較的少ないケースが一般的です。

続いて、4つの税金を抑えるために活用できる特例について見ていきましょう。

空き家の税金を抑えるために使える制度・特別控除

空き家を売却した際に発生する譲渡所得税は、一定の条件を満たすことで大幅に軽減、またはゼロにできる制度や特別控除があります。

特に重要なのが、次の3つの制度・特別控除です。

それぞれ詳しく見ていきます。

相続空き家の3,000万円特別控除

相続空き家の3,000万円特別控除とは、相続や遺贈によって取得した空き家を売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を差し引ける制度です。

売却益が3,000万円以内であれば、譲渡所得税がかからないケースも多く、空き家売却時に最も節税効果が大きい特例といえます。

条件はやや厳しいものの、該当する場合は数百万円単位の節税につながるため、相続した空き家を売却する際は必ず確認しておきたい特例です。

マイホームの3,000万円特別控除

マイホームの3,000万円特別控除とは、自分が住んでいた家を売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。

転居後に空き家となった住宅であっても、一定の条件を満たせばこの特例を利用できます。

相続空き家の特別控除と同様に、売却益が3,000万円以内であれば譲渡所得税がかからないケースもあり、非常に節税効果の高い制度です。

長期譲渡所得の軽減税率

長期譲渡所得の軽減税率とは、10年以上所有していたマイホームを売却した場合に、譲渡所得税の税率が引き下げられる特例です。

通常、長期譲渡所得の税率は約20％ですが、この特例を適用すると、一定の金額まで約14％まで税率が下がります。

長期間所有していた空き家を売却する場合は、所有期間が10年を超えているかを必ず確認しておきましょう。

つづいては、逆に税金が高くなってしまうので気を付けるポイントを解説していきます。

空き家の税金が高くなってしまうケース

空き家売却では、売却価格そのものよりも「売る前の行動」や「売却のタイミング」によって、本来抑えられたはずの税金が高額になってしまうケースが少なくありません。

ここでは、特に注意すべき3つのケースを解説します。

売却前に賃貸や事業利用をしてしまった場合

相続した空き家や、以前住んでいた空き家を売却前に賃貸に出したり、事業用として利用してしまうと、3,000万円特別控除が使えなくなる可能性があります。

これは、相続空き家の3,000万円特別控除やマイホームの3,000万円特別控除が、「居住用財産」や「未利用の空き家」を対象としているためです。

このような使い方をすると、数百万円単位の節税チャンスを自ら失ってしまうこともあります。相続した空き家や元マイホームは、安易に活用せず、まず売却を前提に検討することが重要です。

特別控除の期限を過ぎて売却した場合

空き家売却に使える制度・特別控除の多くには、「売却できる期限」が設けられています。

たとえば、相続空き家の3,000万円特別控除では、相続開始から一定期間内に売却することが条件となっています。

「そのうち売ろう」「もう少し様子を見よう」と売却を先延ばしにした結果、気づいた時には特例が使えなくなっていたというケースも少なくありません。

相続した空き家を長期間放置している場合は、「まだ大丈夫」と思い込まず、早めに期限を確認することが大切です。

所有期間5年未満で売却した場合

空き家売却では、所有期間が5年を超えているかどうかによって、譲渡所得税の税率が大きく変わります。

所有期間が5年未満の場合は「短期譲渡所得」となり、税率は約40％と非常に高くなります。

一方、5年を超えて所有していれば「長期譲渡所得」となり、税率は約20％まで下がります。

売却を急ぐ必要がない場合は、5年を超えてから売却するだけで税金を大きく抑えられるケースもあるため、売却時期の見極めが重要です。

ここまで見てきたように、空き家売却の税金は「知らなかった」だけで高くなってしまうことがあります。

空き家売却の税金で失敗しないためのチェックリスト

空き家売却の税金は、「知らなかった」「確認していなかった」だけで数百万円単位の差が出てしまうこともあります。

売却を進める前に、以下のポイントを一つずつ確認しておきましょう。

これらを事前に確認しておくだけで、空き家売却時の税金トラブルをほぼ防ぐことができます。

空き家売却時で特別控除を受けるためには確定申告を

空き家売却で3,000万円特別控除や軽減税率などの制度を利用する場合、必ず確定申告を行う必要があります。

たとえ譲渡所得税がゼロになる場合でも、確定申告をしなければ特別控除は適用されません。

特別控除の要件は細かく、書類の不備によって控除が認められないケースもあります。

不安がある場合は、税理士や不動産会社など、空き家売却に詳しい専門家へ事前に相談すると安心です。

空き家売却時の税金のよくある質問

空き家を売却したら必ず税金はかかりますか？

いいえ。売却によって利益（譲渡所得）が出なければ、譲渡所得税はかかりません。また、3,000万円特別控除が適用できる場合は、税金がゼロになるケースもあります。

相続した空き家はすぐ売った方が税金は安いですか？

多くの場合、早めに売却した方が有利です。相続空き家の3,000万円特別控除には期限があるため、放置していると制度が使えなくなる可能性があります。

空き家をリフォームしてから売ると税金は安くなりますか？

必ずしも安くなるとは限りません。リフォームによって特別控除の対象外になるケースもあるため、税金面では「何もしない方が有利」な場合もあります。

売却した年の固定資産税は誰が払いますか？

原則として、1月1日時点の所有者が全額納税します。ただし、実務上は売却日を基準に日割りで按分するケースが一般的です。

まとめ

空き家売却にかかる税金は、売却価格よりも「売る前の行動」と「タイミング」によって大きく変わります。

特別控除や制度を正しく使えば、本来支払わなくてよい税金をゼロにできる可能性もあります。

一方で、賃貸や事業利用をしてしまったり、売却時期を誤ったりすると、数百万円単位の税金を余計に支払うことにもなりかねません。

空き家売却で税金の失敗を防ぐためには、売却前の段階で専門家に相談することがもっとも確実な方法です。

「この空き家は特別控除が使えるのか？」 「今売るのが得なのか？」 といった疑問がある方は、無料相談・無料査定を活用して、早めに確認することをおすすめします。